Historia miasta Heraklion rozpoczyna się wiele wieków temu wraz z rozwojem cywilizacji minojskiej. Knossos był jego centrum, a Heraklion był uważany za jego główny port. Obszar ten rozwinął głównie z powodu początku handlu zagranicznego przez Minojczyków. Okazało się, że Heraklion miał bardzo strategiczną pozycję między trzema kontynentami (Azja, Afryka & Europy), co sprawiło, iż wielu cesarzy, później, chcieli podbić ten obszar.

Wenecjanie podbili miasto na wiele lat i znacząco przyczynili się do architektury wyspy, rozwoju handlu zagranicznego i portu w Heraklionie który wkrótce stał się najważniejszym portem wschodniej części Morza Śródziemnego na skrzyżowaniu wszystkich komercyjnych szlaków żeglownych. Po zdobyciu przez Osmanów, a następnie krótki okres autonomii, Kreta zostałą zjednoczona z resztą Grecji w 1913r. i Heraklion został uznany za stolicę wyspy w 1970r.